לפי הגרסה הראשונית של המשטרה, עלאא מחאמיד ניסה להימלט ברכבו מהשוטרים, ובמהלך המרדף אירעה תאונת דרכים. בעת ניסיון המעצר, כך נמסר מהמשטרה, הוא תקף לוחם מג"ב שירה בו. נסיבות האירוע והשימוש בנשק חם נבדקות.
הפעילות בוצעה לפני מספר ימים על בסיס מידע מודיעיני, לאחר דיווחים על ירי ניסיון שנערך לאחרונה. הנשק והתחמושת הועברו לבדיקה פורנזית, והמשטרה מנסה לאתר את המעורבים. על מעצרים בפרשה טרם נמסר.
החשודים ניסו להסתגר בבית סמוך, הלוחמים כיתרו את המבנה ואחדים מהם נתפסו לאחר מרדף רגלי. הנהג, תושב לוד כבן 30, נעצר לחקירה בחשד להסעת שוהים בלתי חוקיים, והרכב נתפס ותוגש בקשה לחילוטו.
רס"ל איתי פרסון יצא ביום חמישי אחר הצהריים לרחוץ בחוף "סטודנטים" בחיפה, ובערב אבד הקשר עמו. לאחר שלושה ימי חיפושים אותרה גופתו, ונסיבות האירוע נחקרות. הוא הותיר אחריו הורים, שני אחים, שתי אחיות ובת זוג.
בחיפוש באחד המתחמים נמצאו שני צבאים ושני גירים; פקחי רשות הטבע והגנים הרדימו אותם לצורך לכידה בטוחה והעבירו אותם להמשך טיפול. תושב טול כרם כבן 60 נעצר והועבר ליחידת החקירות המרכזית של מג"ב.
שני תושבי יריחו כבני 50 נתפסו כשברשותם 34 אקדחים ושני רובי M16. הם והנשק שנתפס הועברו לחקירת היחידה המרכזית של משטרת מחוז יהודה ושומרון, והפעילות בוצעה במסגרת היערכות מוגברת לתקופת החגים.
מלול הודה כי בתמורה לכ-25 אלף שקל העביר במחסום "ראס בידו" תושבים ללא היתרי כניסה ובלי בדיקה, וכי גנב שני רימוני הלם משטרתיים ומכר אותם לערבי פלסטיני. בית המשפט קבע כי פעל "בהבנה מלאה של הסכנה לביטחון מדינת ישראל ותושביה". שלושה לוחמי מג"ב נוספים הורשעו באותו תיק וגזר דינם יינתן בהמשך
המנהרה אותרה ב-28 באוגוסט, ובהמשך נעצר חשוד שברשותו כלי חפירה. מהבדיקה עלה כי החפירה הייתה בשלב מתקדם, והכניסה למנהרה הוסתרה בתוך מאגר מים עתיק.
משטרת ישראל מסרה כי איש כוחות הביטחון שנורה למוות באירוע בנתניה הוא לוחם משמר הגבול דוד חויר עמרני, בן 20, שהיה בשירות סדיר.